Prolog
Edward Fairfax Vere schaut auf sein Leben auf See zurück, als er Kapitän der Indomitable war, und wird von Erinnerungen gequält.
I. Akt
Die Crew der Indomitable gehen ihrer Arbeit nach. Ein Handelsfrachter auf der Durchreise hat drei neue Rekruten dagelassen, unter ihnen Billy Budd, ein offenherziger, gutwilliger junger Mann. Als er vom Schiffsprofoss John Claggart ausgefragt wird, zeigt sich, dass er stottert. Als er seinem früheren Schiff, der Menschenrechte, Lebewohl zuruft, befürchten die Offiziere fälschlicherweise, dass er an Bord für Unstimmigkeiten sorgen könnte. Claggart, der die Offiziere eigentlich verachtet, soll Billy genau beobachten. Er beauftragt seinen Corporal Squeak, Billy bei möglichst jeder Gelegenheit zu provozieren.
Ein Neuling wurde brutal ausgepeitscht. Dansker warnt Billy, sich vor Claggart zu hüten. Allein mit Captain Vere drücken die Offiziere ihre Abneigung gegen die Franzosen aus, deren Ideen sie für die jüngsten Meutereien in der Marine verantwortlich machen. Sie warnen, dass Billy ein potentieller Störenfried ist, aber Vere teilt ihre Einschätzung von Billys Charakter nicht. Das Schiff dringt in feindliche Gewässer ein.
Die Crew singt Seemannslieder unter Deck. Billy erwischt Squeak dabei, wie er seine Habseligkeiten durchsucht, wie Claggart es ihm befohlen hat, und greift ihn an. Claggart greift ein und lässt Squeak verhaften, um seine eigene Beteiligung zu decken. Von Claggart bedroht, versucht der Neuling, Billy dazu zu bringen, eine Meuterei anzuzetteln, und verspricht ihm französisches Gold. Der Plan scheitert, als Billy wütend wird. Dansker wiederholt seine Warnung, Claggart zu meiden, aber Billy ist sicher, dass er nichts von ihm zu befürchten hat.
II. Akt
Offiziere und Besatzung sind begierig darauf, den Feind zu bekämpfen. Claggart teilt Vere mit, dass sich ein gefährlicher Meuterer an Bord befindet, aber er wird unterbrochen, als ein französisches Schiff gesichtet wird. Vere befiehlt, die Verfolgung aufzunehmen und die Crew bereitet sich auf den Kampf vor. Ein Schuss wird abgegeben, verfehlt aber das Ziel. Der Nebel kehrt zurück und beendet die Verfolgung.
Claggart verrät Vere, dass es Billy Budd ist, der die Meuterei plant. Er zeigt als Beweis das französische Gold, das er dem Neuling gegeben hat, um Billy zu bestechen. Vere kann Claggart nicht glauben und lässt Billy rufen, der mit seinem Ankläger konfrontiert werden soll.
Auf die Aufforderung hin, sich zu verteidigen, wird Billy so wütend, dass sein Stottern ihn erstickt. Er schlägt auf Claggart ein und tötet ihn sofort. Vere ist schockiert und versammelt seine Offiziere, ein Standgericht wird einberufen. Billy gibt die Tat zu, kann aber nicht erklären, warum Claggart ihn zu Unrecht beschuldigt haben sollte. Als die Offiziere von Vere eine Erklärung verlangen, weigert dieser sich zu antworten. Das Gericht verkündet das Todesurteil.
Früh am nächsten Morgen denkt Billy über seinen bevorstehenden Tod nach. Dansker erscheint mit der Nachricht, dass das Schiff nun tatsächlich kurz vor der Meuterei steht, da die Crew beschlossen hat, Billys Hinrichtung zu verhindern. Billy sagt ihm, er solle sie aufhalten, da er sein Schicksal akzeptiert hat. Er bittet Gott, Vere zu segnen, bevor seine Todesstrafe vor der gesamten Crew ausfgeführt wird.
Epilog
Der alte Vere erinnert sich an Billys Bestattung auf See, und das Wissen, dass er ihn hätte retten können, verfolgt ihn.
