Akt I
Tamino wird von einem Monster verfolgt und bricht vor Schrecken zusammen. Er wird von drei Damen gerettet, die im Dienste der Königin der Nacht stehen. Als die Damen verschwinden um der Königin von dem Geschehen zu berichten, entdeckt der Vogelfänger Papageno das tote Monster und behauptet, es getötet zu haben. Die Damen kehren zurück, um Tamino ein Porträt der Tochter der Königin, Pamina, zu geben, von der sie sagen, dass sie vom bösen Sarastro versklavt wurde. Als Strafe für seine Lügen, verschließen sie Papagenos Mund mit einem Vorhängeschloss. Tamino ist von Paminas Bild verzaubert und verspricht, als die Königin erscheint, dass er Pamina retten wird. Die Damen geben Tamino eine Zauberflöte und Papageno ein magisches Glockenspiel mit auf den Weg, welcher ihnen von drei Knaben gezeigt werden soll.
In einem Raum in Sarastros Palast wird Pamina von Sarastros Diener Monostatos bedroht. Papagenos unerwartete Ankunft macht ihm Angst und Papageno erzählt Pamina, dass Tamino auf dem Weg ist, um sie zu retten. Pamina freut sich zu hören, dass Tamino in sie verliebt ist und sie versichert Papageno, dass auch er seine wahre Liebe finden wird.
Von den drei Knaben zu Sarastros Tempel geführt, ist Tamino verwirrt, als er von einem Priester gesagt bekommt, dass die Königin der Nacht die eigentlich Böse sei und nicht Sarastro. Die wilden ihn umgebenden Kreaturen, entzückt er mit seiner Zauberflöte und geht dann auf die Suche nach Pamina. Monostatos und seine Anhänger fangen Papageno und Pamina, als sie versuchen zu entkommen, doch der Klang seines magischen Glockenspiels entwaffnet sie. Sarastro verspricht Pamina, dass sie irgendwann frei sein wird und Monostatos bestraft wird. Als sich Pamina und Tamino endlich treffen, werden sie sofort getrennt. Papageno und Tamino werden in den Tempel geführt.
Akt II
Sarastro und seine Anhänger beschließen, dass Tamino sich Initiationsriten unterziehen muss, bevor er sich ihrer Bruderschaft anschließen kann. Sie rufen die Götter Isis und Osiris herbei und bitten sie, Tamino und Pamina zu beschützen.
Monostatos versucht die schlafende Pamina zu angreifen, wird aber von der Königin der Nacht entdeckt. Sie gibt ihrer Tochter ein Messer und befiehlt ihr, Sarastro zu töten.
Als Teil der Prüfung, wird Tamino und Papageno befohlen, zu schweigen und nichts zu essen. Papageno wird schwach und beginnt sofort mit einer alten Frau zu flirten, die verschwindet, als er nach ihrem Namen fragt. Die drei Knaben kommen herbei, um Tamino durch den Rest seiner Reise zu führen und Papageno zu bitten, ruhig zu bleiben. Als Pamina erscheint, hält Tamino sein Gelübde und bleibt still, was sie zur Verzweiflung bringt.
Tamino hat nun nur noch zwei weitere Aufgaben zu absolvieren. Papageno sehnt sich nach einer Frau und willigt in Abwesenheit aller ein, die alte Frau zu heiraten, die sich sofort in sein jugendliches Gegenstück Papagena verwandelt, bevor sie wieder verschwindet.
Verrückt vor Kummer versucht Pamina Selbstmord zu begehen, jedoch wird sie von den drei Knaben gerettet, die ihr die Liebe von Tamino zu ihr versichern. Pamina und Tamino sind endlich vereint, um die Feuer- und Wasserproben gemeinsam mit der Zauberflöte als Schutz zu bestreiten.
Papageno versucht sich umzubringen, doch auch ihn halten die drei Knaben gerade rechtzeitig auf und erinnern ihn an sein magisches Glockenspiel. Er spielt es und auf wundersame Weise erscheint Papagena wieder. Die Königin der Nacht mit ihren drei Damen und Monostatos, greifen Sarastros Festung an, jedoch werden sie besiegt. Sarastro schließt sich Pamina und Tamino an und alle preisen den Sieg von Mut, Tugend und Weisheit.
