Prologue
Edward Fairfax Vere revient sur sa vie en mer en tant que capitaine de l’Indomptable. Il est hanté par ses souvenirs.
Acte I
L'équipage de l’Indomptable fait son travail. Un navire marchand de passage a fourni trois nouvelles recrues, dont Billy Budd, un jeune homme sincère et de bonne humeur. Interrogé par John Claggart, le maître d'armes, Billy révèle un bégaiement. Lorsqu'il fait ses adieux à son ancien navire, le Droits de l’Homme, les officiers craignent à tort qu'il encourage la dissidence à bord. Claggart, qui méprise secrètement les officiers, est chargé de surveiller Billy de près. Il ordonne à son caporal Squeak de saisir toutes les occasions pour provoquer Billy.
Un jeune novice a été brutalement fouetté. Dansker avertit Billy de se méfier de Claggart. Seuls avec le capitaine Vere, les officiers expriment leur aversion pour les Français,qu’ils tiennent pour responsables des récentes mutineries navales. Ils avertissent que Billy est un fauteur de troubles potentiel, mais Vere n'est pas d'accord avec leur évaluation du jeune homme. Le navire entre dans les eaux ennemies.
L'équipage chante des chants de marins sous les ponts. Billy découvre Squeak fouillant dans ses affaires comme Claggart l'a ordonné, et l'attaque. Claggart intervient et, pour couvrir sa propre implication, fait arrêter Squeak. Menacé par Claggart, le novice tente d'amener Billy à mener une mutinerie en lui promettant de l'or français. Le plan échoue quand Billy se fâche. Dansker répète son avertissement d’éviter Claggart, mais Billy est certain qu'il n'a rien à craindre de lui.
Acte II
Les officiers et l'équipage sont impatients d'affronter l'ennemi. Claggart dit à Vere qu'il y a un dangereux mutin à bord mais il est interrompu lorsqu'un navire français est repéré. Vere ordonne de donner la chasse et l'équipage se prépare pour la bataille. Un coup de feu est tiré mais rate sa cible. Le brouillard revient, mettant fin à la poursuite.
Claggart révèle à Vere que c'est Billy Budd qui a préparé la mutinerie. Il lui montre comme preuve l'or français qu'il a donné au novice pour soudoyer Billy. Vere n’arrive pas à croire Claggart et envoie chercher Billy pour qu’il se confronte à son accusateur.
Lorsqu'on lui demande de se défendre, Billy s'énerve tellement que son bégaiement l'étouffe. Il s'en prend à Claggart, le tuant sur-le-champ. Vere, secoué, convoque ses officiers et une cour martiale est constituée. Billy admet l'acte mais ne peut pas expliquer pourquoi Claggart l’a l'accusé à tort. Lorsque les officiers se tournent vers Vere pour une explication, le capitaine refuse de répondre. Le tribunal prononce la peine de mort.
Tôt le lendemain matin, Billy contemple sa mort imminente. Dansker apparaît avec des nouvelles que le navire est maintenant proche de la mutinerie puisque l'équipage est déterminé à empêcher l'exécution de Billy. Billy lui demande que l’équipage cesse, car il a accepté son destin. Il demande à Dieu de bénir Vere avant que sa condamnation à mort ne soit prononcée devant tout l'équipage.
Épilogue
Le vieux Vere se souvient de l'enterrement de Billy en mer et est hanté par l'idée qu'il aurait pu le sauver.
