Acte I
Dans un collège, Pamina subit les avances non désirées de son professeur, Sarastro. Nous la suivons, elle et ses camarades de classe, dans un paysage onirique.
Trois femmes sauvent Tamino et Monostatos d’un serpent mortel avant de les séduire. Tamino se lie d’amitié avec Papageno. Les femmes donnent à Tamino une photo de Pamina dont il tombe immédiatement amoureux.
L’amour de Tamino pour Pamina se consolide lorsque la Reine elle-même chante son indignation à l’égard de Pamina. La Reine lance un défi : si Tamino réussi à sauver Pamina de Sarastro, il sera digne de l’amour de Pamina.
Les femmes offrent un carillon magique à Papageno et une flûte enchantée à Tamino pour les aider lorsqu’ils partiront à la recherche de Pamina. Ils seront accompagnés par trois collégiennes.
Papageno apporte la nouvelle à Pamina : Tamino s’est épris d’elle.
Tamino est guidé par trois collégiens jusqu’à la bibliothèque où il rencontre un professeur qui défend la réputation de Sarastro malgré les doutes de Tamino. Alors que Tamino tente de comprendre la vérité, un groupe d’animaux lui apparaît, hyptonisés par la musique de la flûte.
Le pouvoir de cette musique est interrompu par des messages provenant de Papageno. Tamino part à sa recherche. Papageno et Pamina sont surpris par Monostatos, avec qui elle entretient une relation mouvementée, mais le conflit est amorcé lorsque Pamina sort un joint et Papageno se souvient du carillon magique. Les professeurs surprennent Mosnostatos en train de fumer et le punissent.
Pamina défie Sarastro et invoque le pouvoir de la Reine.
Tamino et Pamina sont désignés comme délégués de classe et découvrent qu’ils ont des sentiments l’un pour l’autre. L’assemblée de l’école se termine par un hymne vertueux à la justice et aux bonnes manières.
Acte II
En classe Tamino envoie une note à Pamina lui proposant de faire une pause. Sarastro interrompt le cours et confisque la lettre. Les professeurs de l’école conseillent aux garçons de se méfier des femmes avant tout chose, car elles détourneront toujours un homme du droit chemin. Les garçons de l’école se mettent d’accord pour prêter serment et ne plus parler aux filles.
Les trois femmes parviennent à briser le serment de Tamino et Papageno mais sont chassées de la bibliothèque par une bande de garçons.
Pamina repousse les avances de Monostatos. La Reine arrive et met Pamina à l’épreuve : elle doit tuer Sarastro. Sarastro et les professeurs veulent discipliner les filles de l’école.
Papagena dit à Papageno qu’elle l’aime. Les trois collégiennes conseillent à Tamino et Papageno de perséverer dans leur quête. Pamina essaie de reprendre contact avec Tamino mais se heurte à son silence. Elle est désespérée. Elle est sauvée par les trois collégiennes qui lui assurent que Tamino l’aime.
Les garçons de l’école poursuivent leur jeu du silence mais Tamino les confronte et, à l’image de Pamina, avoue à celle-ci ses sentiments.
Papageno cherche Papagena. Il craint de ne pas la trouver. Alors qu’il contemple la mort, il est sauvé par les trois collégiennes qui lui rappellent que sa cloche est là pour l’aider à réaliser son vœu véritable.
Repoussé par Pamina, Monostatos se sent seul. Sarastro revient auprès des élèves. L’assemblée de l’école se termine par un hymne à l’éveil spirituel.
