I. Akt
Als ihr Mann, der römische Kaiser Claudio, scheinbar auf See ertrunken ist, plant Agrippina für ihren Sohn aus einer früheren Ehe, Nerone, Claudios Nachfolge. Tatsächlich wurde der Kaiser vom Kommandanten der Armee, Ottone, jedoch vor dem Tod bewahrt, und die bevorstehende Krönung von Nerone wird abgeblasen. Ottone erzählt Agrippina, dass Claudio ihn in Dankbarkeit zu seinem Nachfolger ernannt hat. Er sagt ihr auch, dass er, Ottone, sich in Poppea verliebt hat und dass er sie mehr begehrt als den Thron. Agrippina, die weiß, dass auch Claudio Poppea liebt, sieht darin eine neue Chance, ihre Ambitionen für Nerone weiterzubringen. Sie lässt Poppea glauben, dass Ottone mit Claudio vereinbart hat, dass Ottone den Thron, Claudio hingegen Poppea haben soll. Agrippina rät Poppea, den Spieß umzudrehen, indem sie dem Kaiser sagt, dass Ottone ihr befohlen hat, Claudios' Avancen abzulehnen. Dies, so glaubt Agrippina, wird Claudio davon abbringen, Ottone den Thron zu überlassen.
II. Akt
Ottone ist bereit für seine Krönung, aber Claudio verurteilt ihn stattdessen als Verräter. Ottone ist am Boden zerstört und verwirrt und bittet Agrippina, Poppea und Nerone um Unterstützung, aber sie alle weisen ihn ab. Poppea berührt die Trauer ihres ehemaligen Geliebten und beginnt, an seiner Schuld zu zweifeln. Schließlich überzeugt Ottone sie von seiner Unschuld und Poppea schwört Rache, aber sie ist abgelenkt, als Nerone ihr seine Liebe erklärt. In der Zwischenzeit überzeugt Agrippina Claudio, dass Ottone immer noch den Thron begehrt und rät ihm, Nerone zugunsten zu verzichten. Claudio willigt ein und glaubt, dass er damit Poppea zurückgewinnen kann.
III. Akt
Während sich Ottone und Nerone in ihrem Schlafzimmer verstecken, erklärt Poppea Claudio, dass er sie missverstanden habe: Es war nicht Ottone, sondern Nerone, der ihr befohlen hat, seine Avancen abzuweisen. Claudio weist seinen Stiefsohn wütend zurück. Nerone informiert seine Mutter über den Verrat Poppeas und über seine Entscheidung, auf die politisch motivierte Liaison mit ihr zu verzichten. Agrippina stellt Claudio zur Rede und beschimpft ihn, weil er dem Einfluss Poppeas erlegen ist, und behauptet, dass Ottone Poppea liebt, was Claudio zwingt, alle drei zu sich zu rufen. Er verkündet, dass Nerone und Poppea heiraten werden und dass Ottone den Thron bekommen wird. Niemand ist mit diesem Ausgang zufrieden, da alle ihre Wünsche sich geändert haben, so dass Claudio im Geiste der Versöhnung sein Urteil umkehrt und Poppea an Ottone und den Thron an Nerone übergibt.