Acte I
En Westphalie, au château de Thunder-ten-Tronck, la maison ancestrale du baron, les enfants du baron, Cunégonde et Maximilien, ainsi que leur cousin illégitime, Candide, et la bonne, Paquette, reçoivent l’enseignement de leur tuteur, le Dr. Pangloss, qui leur explique que « tout est pour le mieux dans le meilleur des mondes ».
Au grand désarroi du baron, Candide et Cunégonde tombent amoureux l’un de l’autre et Candide est banni de Westphalie. Les envahisseurs bulgares enlèvent Candide et massacrent le reste de la famille, sauf Cunégonde, qui est enlevée et finit par tomber dans la prostitution.
Bien qu'elle soit devenue la maîtresse d'un riche juif et du cardinal archevêque de Paris, elle aime toujours Candide.
Candide, secouru par des acteurs ambulants, continue à croire aux enseignements du Dr. Pangloss, qu'il rencontre par hasard. Candide et le Dr. Pangloss sont arrêtés pour leur philosophie libérale et emmenés à Lisbonne, où le Grand Inquisiteur ordonne de pendre Pangloss et de fouetter Candide. Une gentille vieille dame, mais excentrique, le sauve et le soigne, avant qu’il retrouve Cunégonde à Paris.
Lorsque le riche Juif, puis le cardinal archevêque, interrompent les retrouvailles des amants, Candide les tue tous deux par inadvertance. Candide, Cunégonde et la vieille dame fuient Paris pour Cadix, puis embarquent pour le Nouveau Monde.
Acte II
À leur arrivée à Montevideo, en Amérique du Sud, Paquette et Maximilien sont vendus comme esclaves. Par hasard, Candide, Cunégonde et la vieille dame arrivent au même endroit, mais Candide doit fuir lorsque la vieille dame le convainc qu'il est poursuivi pour le meurtre du juif et du cardinal archevêque. Lorsque Candide jure d'épouser Cunégonde, Maximilien s'y oppose et est accidentellement tué par Candide lors de leur affrontement.
Candide s'échappe alors dans la jungle sud-américaine et tombe sur la légendaire ville d'El Dorado, où tout est opulent et parfait. Fatigué par ce paradis, Candide s'en va, chargé de moutons, d'or et de pierres précieuses, et se dirige vers la colonie néerlandaise du Surinam. Là, il apprend que des pirates ont emmené Cunégonde à Venise.
Vanderdendur, un marchand hollandais, offre à Candide un bateau pour sauver Cunégonde, mais Candide découvre rapidement que la générosité du marchand est une imposture. Candide retrouve Cunégonde, Paquette et la vieille dame à Venise. Là, Candide utilise toutes leurs richesses restantes pour acheter la liberté de Cunégonde et de Maximilien, qui est en réalité toujours en vie.
Maintenant réunis, Cunégonde, Paquette, Maximilien, la vieille dame et le Dr. Pangloss rejoignent Candide qui décide de suivre son nouveau credo. Candide et sa « famille » hétéroclite s’installent à la ferme et ensemble, ils décident de « cultiver leur jardin ».