Acte I
La belle Jenůfa craint que son bien-aimé Števa ait été enrôlé dans l'armée. Elle attend son enfant et son départ mettrait en péril leur futur mariage. Le demi-frère de Števa, Laca, est lui aussi amoureux de Jenůfa et lui pose des questions le concernant. Števa arrive enfin avec ses amis et ses musiciens - il n'a finalement pas été enrôlé et célèbre la bonne nouvelle en buvant et en dansant. La belle mère de Jenůfa, Kostelnička, désapprouve le comportement de Števa et celui de ses amis. Devant tous, elle annonce qu'elle ne donnera son accord pour un mariage entre Jenůfa et Števa qu'après une année de mise à l’épreuve, pendant laquelle Števa ne sera pas autorisé à boire. Laca convainc Jenůfa que Števa ne l'aime que pour sa beauté, et lors de cette discussion tumultueuse, il lui entaille le visage avec un couteau.
Acte II
Honteuse du nouveau visage de Jenůfa, Kostelnička la cache dans sa maison et prétend qu'elle est partie pour Vienne. Entre-temps, Jenůfa a donné naissance à un fils. Pendant que Jenůfa dort, Kostelnička se lamente devant Števa et le supplie d'épouser Jenůfa. Pour Števa, cependant, le visage meurtri de Jenůfa l'a rendue laide. De plus, il est déjà fiancé à la fille du maire. Laca arrive et demande à Kostelnička de lui remettre Jenůfa. Quand Kostelnička lui apprend que Jenůfa a donné naissance à l'enfant de Števa, il est choqué. En désespoir de cause, Kostelnička ment et raconte que l’enfant est mort immédiatement après sa naissance. Dès que Laca part, Kostelnička noie l'enfant dans une rivière glacée et persuade Jenůfa qu'elle a dormi pendant plusieurs jours à cause de la fièvre et que le petit garçon est mort entre-temps. Jenůfa, dévastée, accepte le mariage avec Laca.
Acte III
Pendant les préparatifs du mariage de Jenůfa et Laca, on apprend qu'un enfant a été retrouvé mort dans la rivière. Jenůfa reconnaît le bonnet de son petit garçon et suspecte l’assassinat. Kostelnička admet son crime devant les invités réunis. Avant que le maire ne l'emmène au tribunal, Jenůfa lui pardonne, car elle comprend qu'elle l'a fait par amour pour elle. Jenůfa croit que Laca ne voudra plus d'elle et le renvoie. Cependant, celui-ci veut toujours être à ses côtés et promet qu'il restera avec elle même dans les moments difficiles. Jenůfa se rend compte qu'elle a trouvé son véritable amour et que « Dieu en est satisfait ».
