Prologue
1598. Boris Godounov s'est retiré au monastère Novodievitchie près de Moscou. La police force la foule à supplier Boris de devenir tsar de Russie. Le boyard Shchelkalov annonce que Boris refuse toujours le trône et déplore la misère absolue dans laquelle se trouve la Russie. Une procession de pèlerins prie Dieu de leur venir en aide. La police intime à la foule de se rendre au Kremlin le lendemain matin, pour acclamer le couronnement.
Le lendemain, les cloches de Moscou annoncent le couronnement de Boris. Sur la place du Kremlin, le nouveau tsar, accablé par la peur et la mélancolie, supplie Dieu de le considérer avec bienveillance. Il invite le peuple à un festin, qui se réjouit.
Acte I
1603. Dans le monastère de Chudov, le moine Pimène écrit le dernier chapitre de son histoire russe. Le novice Grigori se réveille d'un cauchemar et exprime son regret de ne pas avoir goûté à la gloire dans la guerre et la société. Il interroge Pimène à propos du défunt Tsarévitch Dimitri, héritier légitime du trône de Boris. Pimène raconte les événements qui ont conduit au meurtre de Dimitri (les assassins ont impliqué Boris avant leur mort) et remarque que le Tsarévitch aurait eu l'âge de Grigori. Seul, Grigori condamne Boris et décide de fuir le monastère.
Désormais en mission pour démasquer Boris et se faire passer pour le Tsarévitch Dimitri, Grigori tente d'entrer en Lituanie pour trouver un soutien à sa cause. Dans une auberge près de la frontière, il tombe sur deux moines vagabonds, Varlaam et Missaïl, et les utilise comme couverture. À peine a-t-il demandé à l'aubergiste, qui l'avertit que la frontière est fortement patrouillée, de lui indiquer la direction de la frontière qu'un policier entre avec un mandat d'arrêt contre Grigori. L'officier est analphabète, alors Grigori lit le mandat, substituant une description de Varlaam à la sienne. Mais Varlaam sait lire. Grigori s'échappe, poursuivi par la police.
Acte II
Dans les appartements de Boris, sa fille pleure la mort de son fiancé. Boris la réconforte tendrement, parle intimement avec son fils de la succession au trône et des responsabilités qu'elle implique, puis réfléchit lui-même au crime qui l'a amené sur le trône et les peurs qui l’assaillent. Chouiski, un puissant boyard, vient annoncer qu'un prétendant au trône de Russie, soutenu par la cour polonaise et le pape, prétend être Dimitri. Boris est profondément choqué et Chouiski le rassure, lui assurant que le vrai Tsarévitch a en fait été tué. Chouiski s'en va et Boris cède à la terreur, imaginant le fantôme de Dimitri. Tiraillé par la culpabilité et le remords, il prie pour le pardon.
Acte III
Grigori, qui prétend maintenant ouvertement être Dimitri, s'est rendu au château de Sandomir en Pologne, où il espère séduire la puissante Marina Mnishek. Marina, elle, a l'intention de s’attirer les faveurs de Grigori afin de pouvoir monter sur le trône de Russie. Mais le jésuite Rangoni a son propre plan : Marina doit séduire Grigori pour la gloire de l'Église, et convertir la Russie au catholicisme par leur union. Grigori attend Marina dans le jardin du château, reçoit de Rangoni l'assurance de l'amour de Marina, et fait enfin la cour à Marina. Elle rejette ses déclarations d'amour jusqu'à ce qu'elle soit sûre de sa détermination à devenir Tsar.
Acte IV
Devant la cathédrale Saint-Basile de Moscou, des paysans affamés débattent pour savoir si Tsarévitch Dimitri est toujours vivant lorsqu'ils apprennent que ses troupes sont dans les environs. Un groupe d'enfants tourmente un saint fou et lui vole son dernier kopek. Lorsque Boris et sa cour viennent de la cathédrale pour distribuer l'aumône, le Saint Fou demande à Boris de tuer les enfants comme il a tué Dimitri. Chouiski ordonne de saisir le Saint Fou, mais Boris demande à son accusateur de prier pour lui à la place. Le Saint-Fou refuse d'intercéder pour un meurtrier. Lorsque l'entourage de Boris passe et que le peuple se disperse, le Saint-Fou se lamente sur le sombre avenir de la Russie.
À la Douma, le conseil des boyards prononce la condamnation à mort de l'accusé. Chouiski arrive avec un rapport sur les hallucinations de Boris concernant le Tsarévitch assassiné. Boris entre soudainement en scène, désorienté, et appelle Dimitri. Lorsqu'il retrouve son calme, Chouiski amène Pimène devant la Douma. Pimène raconte l'histoire d'un homme qui a été guéri de sa cécité alors qu'il priait sur la tombe de Dimitri. Boris s'effondre. Il renvoie les boyards et appelle son fils. Il le nomme héritier du trône, fait ses adieux au garçon et meurt.
Dans une clairière près de Kromy, une foule en colère s'empare de plusieurs boyards et de la police et les humilie. Varlaam et Missaïl entrent en proclamant la culpabilité de Boris. La foule renforce sa détermination à démolir l'ancien ordre, et lorsque deux jésuites apparaissent, à la tête de l'avancée polonaise catholique, ils sont attaqués et brutalisés par la foule. Le faux Dimitri arrive avec Marina, Rangoni, et son armée. Il appelle les gens qui l'acclament à le suivre dans sa marche vers Moscou. Le Saint Fou reste derrière, se lamentant sur le sombre et incertain destin de la Russie.
