Acte I
À Thèbes, temple de Junon, où se tient la célébration d’un rite religieux. Semele, fille du roi Cadmus, est promise à Athamas, prince de la Béotie, bien qu’elle aime secrètement Jupiter. Essayant de retarder le mariage, elle conjure les dieux de l’aider à se sortir de la situation. Sa sœur, Ino, est éprise d’Athamas et, sous la pression de son père, finit par l'avouer à ce dernier. Alors qu’Athamas finit lui aussi par apprendre les sentiments qu’elle éprouve à son égard, Cadmus débarque avec sa suite et raconte avoir vu un aigle enlever Semele. La cour est attristée, mais les prêtres annoncent au roi que la faveur de Jupiter est descendue sur sa famille, tandis Semele émerge d’un nuage pour les rassurer.
Acte II
Junon, épouse de Jupiter, déverse sa colère sur Semele et manifeste auprès de sa sœur, Iris, le désir de se venger. Elle a en effet appris de cette dernière que Jupiter a entouré Semele d’une très grande protection, avec en particulier deux dragons. L'idée lui vient alors de demander au dieu du Sommeil, Somnus, d’endormir ces dragons pour mettre ensuite sa vengeance en œuvre.
Semele dort dans son palais, entourée d’Amours et de Zéphyrs. Jupiter la rejoint et lui exprime son amour. Mais elle a conscience de leurs différences fondamentales et le lui dit : elle est mortelle, lui, une divinité, propos qui inquiète Jupiter. Ce dernier exprime son intention de ramener sa sœur Ino auprès d’elle et de les installer ensemble en Arcadie.
Acte III
Dans la Caverne du Sommeil. Junon et Iris demandent à Somnus d’endormir les dragons qui protègent Semele ainsi que sa sœur, dont Junon prend alors la forme. Cette dernière flatte Semele et lui demande si Jupiter lui a promis l’immortalité. Elle lui conseille de repousser alors ses avances tant qu’il ne le lui aura pas promis et ne lui apparaîtra pas sous sa forme divine. Disant cela, Junon est consciente que Semele mourrait de voir Jupiter sous ses traits véritables.
Au moment se de revoir, Semele fait comprendre à Jupiter qu’elle ne cèderait pas à ses avances tant qu’elle ne l’aurait pas vu sous sa forme divine. Jupiter lui promet de répondre à ses désirs mais s’attriste des effets que cette révélation produira. Junon se réjouit, Semele succombe à la vision de Jupiter.
Plus tard, Ino raconte ce qui s’est passé à la cour et invoque une prophétie qui raconte qu'elle doit s'unir à Athamas, ce qu’il accepte. Apollon déclare qu’un Phénix naîtra des cendres de Semele, et tous se réjouissent.
